激素治疗：肾上腺皮质激素、氢可的松和强的松可改进结直肠炎患者全身状况，使病程缓解，排粪次数减少，复发症状减轻和食欲增加。但也有的结直肠炎病人效果不好，并可使溃疡穿孔，出血和愈合缓慢。现在认为应用范围较小，对于急性暴发性或早期发作严重的病人可使症状明显减轻，病情好转。

抗感染药：水杨酰偶氮磺胺吡啶对治疗各部结直肠炎，防止并发症有较好疗效。有的引起恶心、呕吐、头痛、皮疹、粒细胞减少、贫血和肝功能不良。如不见效和有不良反应，可改用甲硝哒唑。新霉素和酞磺噻唑也有效用。

止泻药：可减少排粪次数，减轻腹痛，常用复方苯乙哌啶、可待因和复方樟脑酊。止泻药物对急性发作的溃疡性结直肠炎可能引起中毒性巨结肠，应慎重使用。也可给镇静药物和解痉药物。

免疫抑制药：硫唑嘌呤，结直肠炎患者每日1次，可改变病的进程，抑制临床表现，但不能改变基础病，常用于静止期减少复发，也可能中毒，应加注意。6硫基嘌呤（6-MP）与激素合用可减轻症状。